宇宙最初的形态“原初之宇宙”苏醒了，它要将宇宙归于虚无，变回其最初的样子。得知这一消息的奥特之王前去阻止原初之暗，然而却被其侵染，并与怪兽军团一起侵略光之国。虽然奥特战士奋力抗战，但是光之国还是遭遇了灭顶之灾。
这样下去，不止是光之国，整个宇宙都会消失的。为了拯救全宇宙，赛罗穿越了时空，回到了宇宙诞生之初...
回到现在，火星上来了一位不速之客—基里艾洛德人之神！它大肆破坏这里的一切，并以大古的家人作为威胁，胁迫大古再次成为了光之巨人—迪迦奥特曼打败了它。
但原初之暗的魔爪也消然而至，再次出现的光之巨人能阻止黑暗的降临吗...