主线：（包含时间轴，事件点）。（按从前到后排列）：lqCHH
1.百鬼夜行之千年魔京：日本卷，本卷剧情的开端发生之地，宫执组在此次战役大放异彩，登上百鬼夜行之位。在统一了黑暗界后被迫与主战的阴阳师们一战，其最后的血战被主角制止，从此主角获得了宫执组的好感以及安倍本家的主战派敌视。其后玄宗以及宝器返虚镜的到来帮助了京都的重建，在此期间，与花开院家定下主角与花开院伶罗的婚约，而在玄宗到来之前主角便已经离开了日本。lqCHH
东京重建之后宫执组即将在其所掌握的浮世绘街举行祭典，并邀请阴阳师以及玄宗参加。为了赴约主角不远万里从其他地方赶回日本，接到家族传令去迎接他的安倍夜言和花开院恭弥在海边目睹了他在没有惊动任何势力的情况下干掉了劫道的北海道雀唳组。在经过商谈之后主角前往花开院本家，在那里住下。在随后与花开院伶罗初次切磋之下暗中放水，给了花开院伶罗一种“主角不算弱，可不如自己”的错觉。当天夜里，主角意外的遇见了因遇见八岐来借刀的日本妖怪总大将宫执皇炎，并收下其羽织暂时合作。lqCHH
3.浮世绘：浮世绘祭典上，主角遭到并非宫执组的妖怪偷袭，本来这种程度的偷袭对主角毫无作用，但当时误以为主角很比自己弱小的花开院伶罗却在偷袭的刹那拼死用身体挡在了主角的前面，且重伤垂死。这种意料之外的状况让主角获得了极大的愤怒与自责。同事也正是因为这份愤怒才让其当时对鎏金飞鼠一家的状况视而不见，看着昏迷不醒的花开院伶罗，主角因自责离开了京都，与宫执皇炎一起前往横滨对战八岐。lqCHH
4.八岐事件：八岐事件是主线中的一章重大转折，看似在人界无敌的主角却在阴沟里翻船，被八岐隐藏着的九头控制并暴走，直到玄宗带着残缺的伏羲八卦大阵到来才予以封印。过程中宫执皇炎为了争取时间与陷入暴走状态的陈堂寺风临阵突破拼死一搏，肉身兵解，之后灵魂以活灵的方式寄养在主角体内。后来众人都反应过来这是上世界的阴谋。lqCHH
5.真空期：这是时间轴上的一段真空期，当前第一卷中目前没有关于那段时间的具体情节。大致情节是被施加了封印的陈堂寺风实力越来越弱，且回忆的幻境一次又一次的出现。因为自身身份的特殊性，他为了自保不得不离开中国前往日本。lqCHH
6.正文的开篇：终于来到了正文开篇的时间点。来到日本避难的陈堂寺风避开了小安倍晴明的接机，邂逅了鎏金飞鼠并帮其进阶，然后在雪衣的召唤下遇到了数年不见的宫执秀言，前往宫执组，在宫执组再次陷入了回忆幻境，并将其打破接触封印。lqCHH