刚刚消灭了卢赛尔，还没充分完成对安纳托利亚北部改革的阿莱克修斯很快又遇到了一个新的问题——奇里乞亚军区的亚美尼亚人造反了。这些亚美尼亚人是罗曼努斯皇帝的铁杆力量，如今皇帝在曼兹科特战役死的不明不白，亚美尼亚人自然对杜卡斯家族心怀不满。41iDv
更不必说如今的安纳托利亚最红的就是科穆宁兄弟。科穆宁家族乃是效忠罗曼努斯皇帝的势力。如今罗曼努斯皇帝战死，科穆宁家族转瞬便投靠了杜卡斯家族，这种表现更让亚美尼亚人表示反感。他们可不希望杜卡斯家族的势力渗透到奇里乞亚来。而亚美尼亚势力种最强的两股当属占据奇里乞亚的费拉雷多斯·布拉查米奥斯与占据塞巴斯蒂安军区的阿尔茨鲁尼将军，这两位都是罗曼努斯皇帝手下的亚美尼亚裔将军。在反对卢赛尔的时候，他们还可以给阿莱克修斯和伊萨克些许支持，可一旦最大的威胁——诺曼人被消灭。他们的不臣之心便再次冒了出来。41iDv1
两位军区将军还拉拢了查尔迪亚军区的西奥多罗·加布亚斯将军。在他们的方案里，西奥多罗将率领特拉布宗的大军南下打通科隆尼亚军区，塞巴斯蒂安军区的亚美尼亚军队则会北上策应。而奇里乞亚军区的亚美尼亚军队则会与突厥游牧军队一起入侵利堪多斯军区，最终完成南北贯通。凡湖附近的亚美尼亚地区早已被突厥人攻占，为了完成这次叛乱大业，两位亚美尼亚将军自作主张的将还未沦陷的梅勒泰内军区、安条克以东的泰罗基军区、与美索不达米亚军区割让给了突厥军阀苏莱曼。通过割让其他虚弱军区土地的方式，他们换到了一支规模庞大的突厥援军。41iDv2
仅仅一年时间里，整个东部边境线就乱成了一锅粥，除了美索不达米亚军区的格里高利将军仍然在坚守要塞以外，其他的地区要么沦陷于突厥人之手，要么被叛军占据。一时之间叛军竟然占据了五个军区，甚至还在向塞琉西亚军区进行明目张胆的扩张。41iDv
米海尔皇帝显然不能允许如此暴虐的叛乱，但他对此却无能为力。因为色雷斯地区和马其顿地区的统治同样摇摇欲坠，而安纳托利亚地区的治安也十分不稳。因而镇压叛乱的职责又落在了科穆宁兄弟的手上。41iDv
等到阿莱克修斯着手镇压这些叛贼之时，东部的混战和叛乱已经持续了近一年的时间。并非科穆宁兄弟养寇自重，而是对卢塞尔的战争极大地消耗了他们积攒的力量，如今他们需要更多的血肉和金银来让自己更加强大。毕竟这场亚美尼亚大叛乱已经席卷了整个托鲁斯山脉，想要扑灭山火，可不是一杯水就能完成的。实际上在这一年时间里，科穆宁兄弟们其实也没闲着，为了“更好的镇压东部叛军”，伊萨克·科穆宁名正言顺的接管了查尔西安军区，而阿莱克修斯则抢占了布库拉里昂军区。如今科穆宁兄弟占据了整整五个军区，而这则和叛军占据的六个军区形成了对峙的局面（叛军占据查尔迪亚军区、塞巴斯蒂安军区、利堪多斯军区、科隆尼亚军区、奇里乞亚军区、塞琉西亚军区，目前正在集中兵力围攻美索不达米亚军区的格里高利将军）。此外突厥人还侵占了整个梅勒泰内军区与塔隆军区。另外阿莱克修斯还从阿马西亚得到了一个著名的人才——约安尼斯·杜卡斯，这是帝国凯撒老约安尼斯的孙子，也是安德洛尼卡·杜卡斯的次子。在阿马西亚被俘期间，帝国凯撒老约安尼斯·杜卡斯被战败的卢塞尔折磨致死，这直接严重折损了杜卡斯家族的力量，当然也让历史走向了另一条路。小约安尼斯·杜卡斯认为米海尔皇帝坑了自己和自己的父亲与祖父，因而自然不愿意前往皇都效力。他决定投身到阿莱克修斯·科穆宁的旗下，毕竟这位是消灭了卢塞尔的勇士，是帮自己消灭了仇敌的猛士。某种程度上还是自己的救命恩人。对历史熟知的阿莱克修斯也知道约安尼斯·杜卡斯是杜卡斯家族中少有的忠贞勇士，因而决定将其作为自己的左膀右臂。41iDv1
在这里一年里，阿莱克修斯和伊萨克把这相近的五个军区充分的进行了整合。小亚细亚沿海的各个军区如同坐在即将喷发的火山上的猿猴一般仍在内斗，没人能管的了科穆宁家族的两兄弟。而首都中的执政宦官小尼基弗鲁斯则专注重建文官政府，加之对科穆宁兄弟态度不错，因而有意忽视了这两个科穆宁的家伙。在整顿了五大军区之后，他按照马其顿王朝的编制谱系，将军队重新整顿为了八个常备步兵团（每个团两千四百人），即两个四团制师团，总计两万余人。虽然总兵力略少于对方，但编制更精密，力量也更为集中。更不必说还有铁甲骑兵团和由泰提修斯指挥的新编农骑兵团。若是将质量算入其中，那么科穆宁家族的实力其实更占优势。41iDv
只不过阿莱克修斯并不想将这些力量全部投入内战之中，他还要为了之后的外战扫清障碍。因而他决定采取一些手段分化敌人，至少要将那些不太坚定的敌人争取过来。被他选中的目标正是查尔迪亚军区将军西奥多罗·加布亚斯。虽然这个家伙野心勃勃，而且加布亚斯家族在黑海贸易问题上和科穆宁家族多有龃龉。但阿莱克修斯敏锐的抓住了一个关键的问题——西奥多罗是一个典型的罗马军人，因而痛恨突厥入侵者。两个亚美尼亚将军拉拢突厥入侵者的行为让他很是不满，因而西奥多罗虽然占据了科隆尼亚军区部分地区，但却没有继续进军，反而是就地组建防御，和亚美尼亚人保持着井水不犯河水的关系。41iDv
面对这一情况，伊萨克·科穆宁再次发扬了自己能言善辩的优势。虽然自己不善运筹帷幄，但若是外交和财政问题，他有自信比自己的弟弟做得更好。经过一番激烈的对峙，伊萨克·科穆宁和西奥多罗·加布亚斯达成了新的协议：首先，科穆宁兄弟不会追究西奥多罗的反叛。其次，在日后对叛军的作战中，阿莱克修斯和伊萨克必须为西奥多罗的军队提供物资。第三，科穆宁兄弟要在日后推翻米海尔的统治，为罗曼努斯皇帝报仇。最后，无论何时，科穆宁兄弟们要保证加布亚斯家族的利益。41iDv
科穆宁兄弟手握接近两万余大军，虽然略少于对手。但阿莱克修斯和伊萨克拥有有原先禁卫军所属的精锐步兵与铁甲骑兵，论质量，亚美尼亚人和突厥轻骑兵根本不能相提并论。西奥多罗手中只有五千多人，他自然明白自己应该投靠向谁，更不必说两个亚美尼亚将军的行动已经引起了他的极端反感。41iDv
因而在阿莱克修斯出兵镇压之后，查尔迪亚军区的西奥多罗将军立刻宣布反正，并且向科隆尼亚军区南部发动了攻击。一时之间，叛军猖狂的攻势也为之一滞。41iDv
面对阿莱克修斯的攻势，亚美尼亚人们反应也十分迅速，其中菲拉雷多斯率领大军从南方北上，准备入侵卡帕多西亚军区。他已经夺取了塞琉西亚军区，因而拥有了上万人的大军。而阿尔茨鲁尼将军则留下部分军队在科隆尼亚阻击西奥多罗的军队，自己亲率东部亚美尼亚军队回援，由于新近招募了相当数目的亚美尼亚军队，因而人数也有万余人。仗着兵力优势，他决心主动进攻，向西进夺取阿马西亚。另一方面，突厥首领苏莱曼则留下部分士兵继续围困格里高利率领的美索不达米亚军区残部，自己率领上万突厥军队进入利堪多斯军区，准备与其他力量汇合。41iDv
面对敌人的三路进军，阿莱克修斯的方针则相对简单。即“任尔几路来，我只一路去。”他要集中兵力，逐个将对手击败。被他选中作为第一目标的，正是距离自己最近的阿尔茨鲁尼军团。41iDv