位于西班牙某地的萨拉萨尔家族城堡附近，一个名叫Los Illuminados的邪教利用寄生虫Las Plagas进行隐秘的宗教活动。3XzJpO
此后萨拉萨尔家族第一代城主攫取了邪教的统治权并将寄生虫全部深埋在城堡附近的地底。3XzJpO1
声名显赫的亚希福特家族（The Ashford）第六代家主爱德华·亚希福特（Edward·Ashford）和年轻贵族奥斯威尔·E·斯宾塞（Oswell·E·Spenser）在非洲古迪帕亚遗迹内的菊科植物“太阳阶梯”中发现一种古代病毒。3XzJpO
病毒能使生物体基因变异，失去意识，并且拥有极强的生命力和抵抗力。3XzJpO
鉴于这种病毒的奇异特征，两人决定研究这种病毒，并命名为“始祖病毒”，始祖病毒母体样本诞生。3XzJpO
由于研究病毒的需要，斯宾塞以未来公司主管的度假别墅为借口，聘请著名建筑师乔治·特列博尔（George·Terybour）在美国西部浣熊市（Raccon City）的阿克雷山区（Arklay Mountain）建造了内部结构复杂，机关重重的洋馆。3XzJpO
四年之后（1967年秋）洋馆完工。斯宾塞随即邀请特列博尔一家前往洋馆度假。3XzJpO
特列博尔的妻子杰西卡（Jessica）与女儿丽莎（Lisa）进入洋馆，随即被植入始祖病毒变异株Type-a型与Type-b型。3XzJpO
特列博尔亦被挟持到洋馆遭到软禁。11月16日，杰西卡与病毒融合失败遭到废弃处理，而丽莎却与病毒融合，但却失去理智，袭击供应饮食的女研究员，并剥下她的面皮。3XzJpO
特列博尔从地下密室逃出，开始寻找出路。但他发现洋馆的结构和他当初设计的并不一样因此无法逃出，最终于11月30日在绝望中死去。3XzJpO
爱德华·亚希福特，奥斯威尔·E·斯宾塞，詹姆斯·马库斯（James·Marcus）三人成立跨国制药企业Umbrella公司（保护伞公司）。3XzJpO
公司表面为财力雄厚，等级森严的制药公司，但在不为人知的背后却进行着病毒的研究和开发。3XzJpO
由于找不到稳定病毒的方法，爱德华·亚希福特逐渐忽略打理公司业务，大权逐渐落到斯宾塞手中。3XzJpO
众多研究员敬仰的同时也是始祖病毒奠基者的爱德华·亚希福特感染病毒去世。3XzJpO
其子亚历山大·亚希福特（Alexander·Ashford）早已取得博士学位，成为了亚希福特家族第七代家主。3XzJpO
亚历山大与1970年建造了南极研究所，主要研究基因遗传。3XzJpO
然而研究却接连宣告失败，绝望之际他提取了家族创始人亚希福特家族第一代家主维罗尼卡·亚希福特（Veronica·Ashford）的基因，通过人工授精的方式制造出阿尔弗雷德·亚希福特（Alfred·Ashford）和阿莱克西亚·亚希福特（Alexia·Ashford）兄妹，寄希望与培养出智力超群的后代。3XzJpO
Umbrella在世界各地陆续开始建造秘密研究所，进行始祖病毒和新型病毒“T”病毒的各种B.O.W（生化兵器）的开发。3XzJpO
公司董事詹姆斯·马库斯于1976年出任浣熊市Arklay研究所以及新建干部养成所的负责人。3XzJpO
干部养成所。新病毒的研究终于有了成效，在将病毒与水蛭DNA结合后达到了马库斯预期的突破，马库斯将其命名为“T”病毒（取自Tyrant暴君的第一个字母）。3XzJpO
为了完善病毒，马库斯决定放弃啮齿类动物作为研究对象，而改用哺乳类动物，必要时就以人为实验对象。11月15日，马库斯发现有人暗中调查他的研究，并猜到是斯宾塞所为。3XzJpO
实验室入口遭到破坏，马库斯求助于他的得意门生威廉·柏金（William·Birkin）和阿尔伯特·威斯克（Albert·Wesker）并且为了夺得主动权而在董事会上公布了“T”病毒。3XzJpO
不料斯宾塞早有准备，并指示威廉和威斯克杀掉马库斯。3XzJpO
马库斯在研究病毒时被闯进来的特种部队开枪击毙。临死前马库斯看到了威廉和威斯克。马库斯的尸体被冲入下水道。3XzJpO
然而水蛭女王的病毒附到他身上，马库斯在无人知晓的情况下以二十年时间复活。3XzJpO1
对马库斯事件起到重要作用的两人前往阿克雷研究所担任主要研究员，他们是18岁的全才阿尔伯特·威斯克与16岁的天才威廉·柏金。马库斯死亡后，两人便接手“T”病毒的研究。3XzJpO
年仅10岁的天才少女阿莱克茜亚·亚希福特从大学毕业。阿莱克茜亚被Umbrella分配到南极研究所。由于阿莱克茜亚的存在，导致威廉·柏金几乎疯掉。3XzJpO
在过去的3年中“T”病毒的研制基本完成，只有近10%的人能免疫，所有人都满足于此成果时，斯宾塞却命令继续研究，直到开发出能毁灭世界的生物兵器，几乎没人知道斯宾塞的目的。威廉受到巨大冲击，疯狂的使用浣熊市的市民进行试验。3XzJpO
阿莱克茜亚的哥哥阿尔弗雷德在南极研究所的密室中了解到自己与妹妹的身世，开始憎恨父亲。3XzJpO
阿莱克茜亚将始祖病毒与蚁后基因融合，制造出新型“Veronica-Virus”（维罗尼卡病毒），并在阿尔弗雷德帮助下以自己的父亲亚历山大为实验体植入维罗尼卡病毒。3XzJpO
维罗尼卡病毒人体实验失败，亚历山大·亚希福特化为危险的怪物-诺斯拉图。3XzJpO1
被监禁于南极基地的地下牢房中。为了彻底完善维罗尼卡病毒，阿莱克茜亚将维罗尼卡病毒植入自己体内，并以冰冻的方式延缓病毒变异造成的智力衰退，由此进入长达十余年的沉睡。3XzJpO
阿尔弗雷德回到洛克福德岛（Rockford）出任军事训练司令。不久他出现恋妹情节并出现人格分裂症状，所以有关维罗尼卡病毒的研究全部终止。3XzJpO
从南极研究所传来阿莱克茜亚由于感染病毒而死亡的消息。至此，威廉·柏金的情绪才恢复正常。而威斯克开始考虑斯宾塞的真实想法，并欲脱离Umbrella。3XzJpO
迈克尔·沃伦（Michael·Warren）出任浣熊市市长，并且与Umbrella建立了紧密联系，半数市民都被Umbrella雇佣。威廉·柏金已经结婚，妻子是同事安奈特·柏金（Annette·Birkin）。3XzJpO
1986年两人拥有了爱情的结晶——女儿雪莉·柏金（Sherry·Birkin）3XzJpO3
此时威廉已经是病毒研究的绝对权威，病毒的研究也进入成熟阶段。3XzJpO
按照斯宾塞的构思，带有攻击意识的战斗生命体“Tyrant”（暴君）被制造出来了，他拥有一定的智能，能按照编写好的程序执行命令，生命力，抵抗力，攻击能力都比人类强大。3XzJpO
但是绝大多数人在植入病毒后会因为脑细胞与病毒融合时衰竭而几乎没有智力。3XzJpO
按照基因解析融合模拟实验显示，一千万人中只有一个人能成为Tyrant。同年成立的法国分公司正在进行最新的“Nemesis”计划，这是一种全新思路的生化兵器。3XzJpO
Nemesis是操纵基因而人工创造出来的寄生体，它寄生在寄生体的大脑，强化智能。3XzJpO1
所以如果把Nemesis与“T”病毒融合，就能培养出高智能的战斗生物。但是在Nemesis寄生后大多数生物都因为承受不了5分钟的智力支配就会死亡。3XzJpO
所以最后还是只有借助第一个实验体丽莎，进入她大脑的Nemesis消失了。3XzJpO
威廉·柏金向公司提出了最新的“G-Virus”（G病毒），斯宾塞批准开发。丽莎被注射了始祖病毒，以至后来所有的病毒在她身体里都能融合并不断变异，甚至吸收了Nemesis。3XzJpO
威廉正是从丽莎身体中提取出了“G”病毒。“G”的特性是使基因变异，导致宿主的身体结构和细胞结构全部发生改变。3XzJpO
而威斯克早已不再关心病毒，他争取到前往浣熊市警局当卧底的机会，暂时脱离了Umbrella。3XzJpO
在Umbrella的经济援助下，浣熊市开始大幅度重建和更新，发展迅速。威廉的新研究所就建在了浣熊市的地下。3XzJpO
7月31日，威斯克和威廉再次来到伴随他们成长的阿克雷研究所。这里曾是最高级病毒研究所，而“T”病毒就是在这里开发出来的。3XzJpO
由于丽莎在吸收了Nemesis后又开始撕其他女性的面皮，威斯克和威廉为了不使机密泄露而决定销毁丽莎。3XzJpO
经过3天的生命终止反应后，丽莎被运到森林里的小木屋里，那里也放着丽莎的母亲杰西卡的棺材。3XzJpO
一度面临解散的特殊战术及救援特勤部队S.T.A.R.S(Special Tactics And Rescue Service)在浣熊市重组，由阿尔伯特·威斯克担任队长。3XzJpO
在1978年死于Umbrella内部斗争的马库斯博士的尸体在水蛭女王和“T”病毒双重影响下重生，以雌雄同体的水蛭人的身份恢复意识，并发誓报复Umbrella。3XzJpO
在马库斯的破坏下阿克雷研究所，干部养成所，地下研究所等地相继发生病毒泄漏事故，工作人员和实验生物相继被感染。阿克雷研究所新主任约翰（John）死亡。3XzJpO
浣熊市废弃物处理工厂系统完成。该系统利用特殊瓦斯，化学溶剂与焚化炉来分解各种生化兵器的细胞并销毁处理。3XzJpO
浣熊市郊的阿克雷山区附近，连续发生离奇的杀人事件，不少民众在山区附近受到不知名生物的袭击，因而丧失性命。期间相继传出目击犬型怪物的事件。3XzJpO
Umbrella研究员发表最新医学论文，提及在阿克雷山区发现的三种同种异形草药，分别命名为“绿色草药，红色草药，蓝色草药”。3XzJpO3
浣熊时报对于年轻女性被猛兽攻击致死之事件以头条加以报导。3XzJpO
位于浣熊市公园内的秘密实验体销毁场因为研究所运来的尸体数急剧增长，而无法以正常方式处理尸体。3XzJpO
瑞贝卡·查姆博斯（Rebecca Chambers）以实地医护人员的身份加入S.T.A.R.S.的布拉瓦小队。3XzJpO
警方封锁部分森林，并考虑派遣特别对策部队S.T.A.R.S.进入山区。3XzJpO
实验体销毁工厂已无法处理数量巨大的尸体，工人们因此被迫暴露在病毒之下工作，部分员工开始呈现被感染症状。3XzJpO
同时，安布雷拉公共卫生部常务理事接到总部特别委员会的灾害传真，委员会认为浣熊地区病毒泄露事故可能已经无法控制，该委员会决定严守秘密实验，并防止S.T.A.R.S. 布拉瓦小组和州警介入。3XzJpO
某特种部队少尉比利·科恩（Billy Coen）因被指控在一次非洲执行任务过程中枪杀23人，而被军事法庭判处死刑，经由阿克雷山区押送至lexson基地执行。3XzJpO
数小时后，押送车辆在阿克雷山区遭受不明怪物攻击，押送人员死亡，比利下落不明。3XzJpO
为了避免机密外泄，因此安布雷拉隐藏了情报，企图私下解决此一事件。3XzJpO
同时为了进行b.o.w的实战能力测验，便透过安布雷拉干部威斯卡的安排，引诱S.T.A.R.S.部队进入灾害地区。3XzJpO
他指挥水蛭袭击了安布雷拉途经阿克雷山区的列车。3XzJpO1
浣熊市警局特殊部队S.T.A.R.S.的布拉瓦小队，乘坐直升机出动前往阿克雷山区进行调查。3XzJpO1
S.T.A.R.S.的布拉瓦小队失去联络已达24小时，威斯克以支援布拉瓦小队为由，率领阿尔法小队进入阿克雷山区计划通过阿尔法小队的实战收集各种b.o.w数据。3XzJpO
以优异成绩毕业的警官里昂和为了寻找哥哥的下落的克里斯的妹妹克莱尔来到浣熊市。3XzJpO
吉尔此时正被追踪者（暴君-203型化学武器）追杀，并遇到安布雷拉公司的生化危机特别应变部队的卡洛斯（carlos oliveira）以及其队长。3XzJpO2
幸存人员还有米克鲁（Michael Victor）45岁，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队d小队队长。3XzJpO
他过去曾任KGB（克格勃，全称为“USSR国家安全委员会”，类似美国的CIA ）组织的领导人。3XzJpO
尼古拉（Nicholai Ginovaef）35岁，U.B.C.S.士兵，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队d小队b分队的佣兵。3XzJpO
被污染地区包围而四面楚歌的浣熊市已无任何挽救的希望，病毒借助下水管道感染了其中的生物并借此进入城市。3XzJpO
灾变很快以污染源所在的城区为中心向全城蔓延。市内紧急部署的军力在很短的时间内就逐渐瓦解。3XzJpO
浣熊市渐渐沦为一座被病毒完全侵蚀的人间地狱。美国军方很快封锁了该片区域并投入大规模的军队控制事态进一步恶化。3XzJpO
几天后进入浣熊市的美军在与生化怪物的战斗中遭受严重损失，最后在实验体销毁工厂消灭五只暴君之后匆忙撤退，国家高层紧急通过了“灭菌”作战方案。3XzJpO1
数小时后，军方投放了一枚核弹，浣熊市于凌晨从地球上彻底抹去，超过10万人在此次灾变中死亡。史称浣熊市生化危机事件。3XzJpO
原先已确认死亡的艾达，在投靠至H.C.F.的前任S.T.A.R.S.队长威斯克的救助下幸存。3XzJpO
威斯克从威廉身上得到“G病毒”，艾达在暗中给予里昂和克莱尔协助之后，与威斯克一起逃出浣熊市。3XzJpO
整个事件公开后（2004），美国政府颁布了一条法令，无限期禁止安布雷拉的一切商业活动，导致安布雷拉最终破产。3XzJpO
美国中央情报局和里昂取得连系，以雪莉与里昂的性命作要胁，迫使里昂接受了情报局所交付的秘密任务。3XzJpO2
里昂暂时待在cia工作并进行调查，但是cia是否有其它目的并不明朗。此后不久里昂参加了特种部队的训练。3XzJpO
宾赛德将“T病毒”散播到席那岛的街道上，并且伪装成发生意外事故。3XzJpO
为了寻找克里斯而侵入安布雷拉巴黎研究所的克莱尔遭到逮捕并送往位于南太平洋的洛克福特岛(Rockfort)军事训练所监禁。3XzJpO
谜之组织H.C.F得知阿莱克茜亚·亚希福特和维罗尼卡病毒出现在洛克福德岛，命令阿尔伯特·威斯克率领特殊部队前往夺取。3XzJpO
威斯克在轰炸过程中造成病毒泄漏。克莱尔借机逃出监狱，并与年轻犯人斯蒂夫（Steve）相遇。3XzJpO
阿尔弗雷德·亚希福特与其发生激战并激活了洛克福德岛的自毁系统。克莱尔和斯蒂夫搭乘飞机逃离里洛克福德岛，然而阿尔弗雷德操纵飞机飞往南极基地。3XzJpO
两人在南极基地射伤了阿尔弗雷德，垂死之际，阿尔弗雷德唤醒了沉睡的阿莱克茜亚后死亡。3XzJpO
克里斯收到里昂的信息后为救克莱尔也前往洛克福德岛，却遇到了本以为早已死亡的威斯克。3XzJpO
威斯克找到阿莱克茜亚并向她讨要维罗尼卡病毒。阿莱克茜亚和威斯克一交手便打跑了威斯克。3XzJpO
克里斯和克莱尔即将逃离南极基地之际阿莱克茜亚追至，通过一番艰难的对决，克里斯最终借助这一区域的高能武器消灭了阿莱克茜亚并引爆了南极基地。威斯克则在此之前回收了斯蒂夫身上感染的维罗尼卡病毒。3XzJpO
（于2012年发行的TPS游戏《生化危机：浣熊市行动》揭示了一系列浣熊市背后的剧情，不过和正统剧情有一定冲突，可视为平行世界剧情参考。）3XzJpO1
在1998年浣熊市生化危机爆发后，实际上有两支部队被派去击败守在浣熊市底下研究所的雇佣兵，并回收威廉博士持有的G病毒，分别是由汉克带领的U.S.S（安布雷拉秘密工作部队）Alpha小队和“狼母LUPO”带领的Bravo小队。3XzJpO
在G病毒回收期间Alpha小队除队长汉克外全数阵亡，并导致威廉博士变异与病毒散入浣熊市下水道（生化危机2），而Bravo小队则在逃脱变异威廉博士的追杀后来到浣熊市市区，并且接到新任务——杀掉里昂.S.肯尼迪。3XzJpO
期间遇到以Echo Six为首的美军特种部队，并在市政府，警察局等地与其激战（一定程度上接上了生化危机3和爆发的剧情），在与“复仇女神”等变异体激战后，USS部队得知里昂躲了起来，并被美军保护着。3XzJpO
而且得知浣熊市即将被摧毁，USS小队要想撤退就必须杀掉里昂，于是USS部队内部起了矛盾，一方主张放走里昂，一方主张杀掉（由玩家选择），之后的剧情由玩家脑补。3XzJpO1
之后添加了美军特种部队Echo six的剧情，是与USS部队反向的，回声小队的任务是找到藏于地下的安布雷拉设施，摧毁它，并且调查病毒事件的真相。3XzJpO
不过期间遇到吉尔，而最后的决战则是无选择的与威廉博士对弈，里昂与克莱尔乘坐美军的直升机逃脱。3XzJpO
和里昂一起接受特工训练的战友杰克·克劳撒（Jack·Krauser）在一次直升机事故中遇害身亡。3XzJpO2