他出生于色雷斯的一个地方，是穆罕默德二世（征服者）的儿子，穆罕默德二世在1481年去世后，巴耶塞特与弟弟杰姆为王位继承权而开战，杰姆战败后逃到罗得岛，向医院骑士团寻求援助。骑士团挟持了杰姆，后来把他送到法国，其后再转交给教皇英诺森八世。教皇欲利用杰姆作为驱逐土耳其人出欧洲的工具，但教皇的十字军企图失败，后来利用他作为向巴耶塞特二世谈判的筹码。每年问巴塞耶特支付3万金币来囚禁他的弟弟。杰姆被囚禁至1495年，因脓疮恶化，在那不勒斯的一所监狱中逝世。433Hp
他于1481年登上奥斯曼帝国的王位。跟他的父亲一样，他是东西方文化的庇护者，并与其他苏丹不同，巴耶塞特非常努力去确保民主政治的顺利推行，所以他被冠以"正义者" 的称号。他把穆斯林献给慈善事业的财产一概归还原主，为了反对前代的倾向欧洲风尚，他叫人把意大利画家为穆罕默德所绘的画像从宫中摘除。433Hp
1492年西班牙国王斐迪南二世下令驱逐境内的所有犹太人，奥斯曼帝国苏丹巴耶塞特二世立刻派遣奥斯曼海军到西班牙，把那些被西班牙驱逐的犹太人安全地送到奥斯曼帝国。巴耶塞特二世把犹太人安置在帝国各个省内，并向帝国各个省下达命令，帝国各个省要友好对待犹太人，禁止反犹，否则将处以死刑。其后，奥斯曼帝国苏丹巴耶塞特二世写信给西班牙国王斐迪南二世的信中说道“西班牙国王斐迪南二世是个伟大的统治者，宁愿自己贫穷也要把财富赠送给别人，我实在是太需要这些人才了。”后来的历史发展也证明了，巴耶塞特二世想法的正确，这些被西班牙驱逐的犹太人，把新的思想，新的技术带进奥斯曼帝国，增强了奥斯曼帝国的国力。433Hp
在他统治帝国期间，他继续进行父王所进行的开疆保土的事业，1483年帝国直接控制了巴尔干地区的黑塞哥维那。1484年占领了多瑙河河口的要塞和德涅斯特河口要塞，挫败了斯特凡三世使之称臣，加强奥斯曼帝国对通往克里米亚的陆路控制。433Hp
从1499年的宗奇奥海战开始，1499-1503年的威尼斯战争（威土战争），巴耶塞特二世获胜，最终征服了威尼斯共和国在摩里亚的采邑和亚得里亚海的要塞，并准确地订定这地区的界线，这确定了奥斯曼帝国日后在地中海东部的海军强权。433Hp
由于奥斯曼帝国把势力扩展到小亚细亚大部分地区，就不得不同拥有叙利亚的埃及的马穆鲁克王朝发生冲突，双方都竭力控制交界的地带和缓冲的小国。这场旷日持久的争夺战最后陷入僵局。奥斯曼帝国一度夺取了马穆鲁克王朝的奇里乞亚，但是战败于阿达纳战役，不得不撤出奇里乞亚。433Hp
小亚细亚以东的局势更是咄咄逼人，例如“红头什叶派”大大影响了巴耶塞特的统治，而且在背后受到波斯沙阿伊斯玛仪一世的支持，他于1501年建立了波斯萨法维帝国，很热衷推广什叶派以保持波斯的独立性，从而逐渐损害奥斯曼帝国统治的威权。当时奥斯曼帝国在安那托利亚的统治甚至出现危机，而且当时巴耶塞特的大维齐尔（宰相）——阿里·帕夏（Ali Pasha），亦在镇压造反者时被杀。433Hp
在1509年9月14日，君士坦丁堡被地震破坏。巴耶塞特的晚年发生了塞利姆和艾哈迈德的皇位斗争。艾哈迈德，是塞利姆的哥哥，他打败了卡拉曼（Karaman）的土耳其人和他们位于安那托利亚的盟友萨非王朝，并正凯旋返回君士坦丁堡。塞利姆害怕他的自身安全受到威胁，他在色雷斯发动起义，但被巴耶塞特镇压并被驱逐至克里米亚（1511年）。在这时候，巴耶塞特逐渐觉得艾哈迈德可能会杀害自己而去夺得皇位而非常害怕，所以他禁止艾哈迈德进入君士坦丁堡。433Hp
这时，塞利姆由克里米亚折返，并受到禁卫军的支持，打败及杀死了艾哈迈德。巴耶塞特接著于1512年4月25日退位给儿子赛利姆一世，巴耶塞特离开并往出生地方隐居，但他于路上去世，并埋葬于在伊斯坦布尔的巴耶塞特二世清真寺旁。他是个虔诚的穆斯林，在位时的大部分岁入用于建设清真寺，经学院、医院和桥梁。他支持奥斯曼境内外的法官、学者和诗人，还对哲学和宇宙学感433Hp
首先，比起他那位21岁就拿下君士坦丁堡，一生戎马的“征服者”父亲，还有那位夺下埃及和哈里发头衔的儿子，从未带兵亲征的巴耶济德二世显得有些“文静”。433Hp
可这并不代表他就是一位窝囊的苏丹，反而正是在他的任内，土耳其人战胜了威尼斯海军，确立了东地中海的霸权。要知道“海权”向来是西方国家的长板，而也向来是东方国家的短板。433Hp
巴耶济德本人生活朴素，为人包容，也同时是一位优秀的诗人。这位君王实施了奥斯曼帝国史上非常出名的两次“人道主义援助”之一的营救被西班牙迫害的犹太人（另一次为阿卜杜拉迈吉德一世救援爱尔兰灾民）。所以他拥有“正义者”的称号，也算得上是实至名归。执政方面也比较向他的祖父穆拉德二世看齐。433Hp
不仅文治武功了得，巴耶济德二世还是奥斯曼帝国少有的手上没有沾亲人血的苏丹之一，他的两个兄弟穆斯塔法和杰姆，其中穆斯塔法早逝，而杰姆先在安纳托利亚叛乱，后又流浪西方，客死他乡。但最终也没被逮捕押回奥斯曼处死（虽有被暗杀或毒死的说法）。433Hp
可在他统治的晚期，国家又不可避免的陷入了动乱，王子们纷纷起兵互斗，巴耶济德求自保而不能，终不免被他豺狼一般的儿子塞利姆赶下皇位，有很大可能是被毒杀，人生以悲剧结尾。执政晚期什叶派萨法维波斯崛起，对他不断挑衅，可巴耶济德的表现看上去不免有些绥靖。433Hp