在拉扎罗夫融合母体细胞复生时,方舟科技会同步监测到母体病毒复苏的波段。为了进一步 追踪这个母体波段，科技会的部分成员离开方舟重返旧大陆，并联系上西陆的“贸易联盟”。 面对科技会同步的情报，联盟也意识到其中潜藏的巨大危机，双方迅速达成协议:遴选城帮助 科技会在大陆进行探索，作为交换，科技会为联盟提供科技防御支持。 进驻遗选城的科技会，第一件事就是指派泰勒斯对圣托帕尼感染事件展开正式调查，被委托 的商队幸存者在海岛实验室带回了帝国的样本。lqlca
经过一番调查，双方锁定了波动新的定位--多贝雪山的实验室。为了不惊动帝国，双方以寻 找植物耐寒性研究资料的名义进入多贝雪山，搜寻被帝国带走的拉扎罗夫。然而帝国已先行 一步，在多贝雪山上建立了军工厂和驻军营地，还在山道上布设了大量防御设施与关卡。科 技会与商队成员正面遭遇帝国的军队，双方发生武力冲突。交火中，拉扎罗夫意外苏醒，母 体与感染者的共鸣引发了雪山恐怖的感染潮爆发。 此后，三方势力均失去了雪山现场的消息。联盟第一时间派遣了搜救队伍，却只在野外找到 一个古怪的幸存者。他自称叫梅西耶，并且失去了此前的所有记忆。搜救队将他送回了快乐 101，并由科技会成员接手。他们试图以梅西耶为突破口，弄清楚多贝雪山的灾变，以及母 体病毒的去向。lqlca
与贸易联盟的不断冲突，以及实验室的多次实验失败，使得帝国内部产生矛盾。当初支持秋 山真之的戈德曼家族，对灾后新世界的安全与生活更为关注，并不同意秋山真之耗费资源对 母体的剿灭行动。而贸易联盟提供的“安全”“富足”的许诺，也造成了帝国内部间隙的加深。 帝国内部出现了越来越多反对秋山真之的情绪和声音。lqlca
在帝国内部不稳之际，邂选城下达了一个日常护送任务，让快乐 101 接应一个货物车队。 然而车队在途中被不明来历的武装人士伏击，快乐 101 的商队与佣兵得知消息后立即组织 出城搜寻。商队在科技会的协助下很快发现了劫匪踪迹。搜寻队伍一路循着踪迹来到沙石堡。 就在商队准备夺取货物的时候，遭到了一群感染者的袭击。商队消灭威胁后，却发现大量货 物已被转移，只在沙石堡的据点内找到一屋子被注射镇定剂的俘虏。搜寻队把俘虏带回了快 乐 101，然而在对俘虏信息进行核对后发现，这群俘虏皆为帝国辖区居民其中还有帝国元首 秋山真之的妹妹:秋山光! 快乐 101 的市长贾斯汀嗅到阴谋的味道，预感快乐 101 将遭受灭顶之灾。为此，他特意安 排商队幸存老前去安抚秋山光，避免不必要的争端与误解，并主动联系帝国示好，声称解救 了秋山光，并愿意将她护送回帝国。lqlca
由于远星 704 自毁、阻断了血林走廊，快乐 101 的护送行动只能横跨宝冠山脉、沿坠星海 进入北陆。 商会领袖之一卢卡斯作为联盟代表，与贾斯汀一同护送秋山光前往北陆。然而即将到达交接 仪式地点附近时，护送队伍却又遭遇了感染者袭击，护送队伍被冲散。危急时刻，贾斯汀与 秋山光被群自称“远星 704”势力的武装力量搭救。这些人放走了贾斯汀，贾斯汀立刻赶去与 卢卡斯汇合。 帝国辖区莫名出现的感染者、死而复生的“远星 704”幽灵....这些线索组合起来，让贾斯汀深 觉此事背后酝酿着巨大阴谋。与卢卡斯汇合后，贾斯汀逼问卢卡斯这一切的缘由，却被卢卡 斯的佣兵敲晕。lqlca
卢卡斯将贾斯汀的队伍关押，自己亲自带秋山光与帝国会面。在与帝国的会面时，贾斯汀和 他所带的人员已悉数被卢卡斯关押。他敏锐发现，看守自己等人的佣兵并非来自快乐 101 的 人。他意识到，快乐 101 的人大概率已经被远星 704 的人替换，恐要对会面不利。 为此，贾斯汀找准机会、秘密联合部下进行了突围，并赶到了交接仪式现场。 此时，埋伏在卢卡斯身边的远星 704 战士正举枪射击秋山光，帝国军队立即展开还击、双方 阵营顿时大乱!贾斯汀只来得及匆忙救下卢卡斯，带着剩余部队逃回快乐 101。lqlca
在快乐 101 里，卢卡斯面对周围荷枪实弹的商队成员与佣兵，向贾斯汀坦白了远星 704 全 城“牺牲”的真相。 然而贾斯汀还未从错综的真相中理清头绪，帝国的大炮已经轰向了快乐 101。贾斯汀只能率 领快乐 101 的佣兵与商队成员进行抵抗。有科技会陆行车的协助，他们勉强守住了快乐 101 的大门，战争进入了胶着阶段。 然而这样的情况并没有持续太久，一个神秘的男人潜入了快乐 101 市政厅，并径直将梅西耶 拖向战场，刀插进其肩膀。这一举动引发周围剧变:帝国与联盟军队内部纷纷出现了变异的 感染者，感染者数量无故增多，激活了陆行车的最高危机应对方案--无差别消灭生命体! 帝国、联盟的士兵与无故变异的感染者，纷纷倒在了陆行车的炮火下。战场上无人生还，帝 国退兵，而梅西耶也不知去向。lqlca
事后，诺贝利学院的幸存者学生 声称在高校见过落单的秋山光和喀秋什卡的踪迹，并且他 们被一位教会的大人物救走。lqlca
因帝国元首的失踪，帝国陷入了-片混乱。联盟内部不愿放弃这个向北陆进一步拓展的好机 会，于是避选城传来了最新消息--招募一批志愿者为先遣队探索北陆区域，制定北陆城市的 探索路线图。 而熟悉北陆的商队成员英格丽，则被派往希望谷前去探查路线通道。糟糕的是，希望谷通往 北陆城市莱文市的原通道已被损毁，而更糟的是，英格丽在希望谷的实验室发现了已被联盟 认定死亡的救援队员亚瑟。从他口中，英格丽获知了一个关于莱文市的可怕情报--那里正在 酝酿着新的恐怖病毒进化。lqlca