在梦比优斯奥特曼离开地球之后的数百年，度过了怪兽频发时期的人类，在军事、民生、医疗等方面终于得到了得以发展的时机。一直受到奥特战士帮助的人类，无论是出于，为了和奥特曼一起维护宇宙和~ping~的憧憬，还是为了获取宇宙中的各种资源，人类结合历史遗留的外星科技，全力发展和星际航行相关的科技，终于在百年后的今天，人类彻底进入宇宙开拓时代。kXuxx
在宇宙开拓时代的人类，为开采宇宙行星的资源，而组织了SPACE MISSION（宇宙任务）的专门集团「ZAP SPACY」这一进行支援的战斗组织。kXuxx
由船长：日向浩，副船长：榛名纯，机械师：熊野正彦，生物学家：隐岐恒一，组成的宇宙运输船盘龙号，在宇宙中航行的时候，接收到了来自地球的紧急通讯，通讯中提到，ZAP的开拓行星中距离地球最为遥远的波利斯行星上超远距离通讯中断，而负责波利斯行星物资运输的宇宙船三叶草号在地球进行解体检修，所以委托距离波利斯行星最为接~jin~的盘龙号前往波利斯行星调查。kXuxx
两周后，盘龙号抵达了比地球要大三倍的波利斯行星的外围引力捕捉区域，未收到联络反馈的日向船长决定进入波利斯行星，探查具体情况。但是就在突入大气层的时候，受到未知能量的影响，飞船失去控制，最终不得不在未知的地面紧急着陆。kXuxx
飞船受到损毁，日向船长在发出救援信号之后，决定搭乘搭载的尚且完好的两架急速号飞机，前往最近的第二十七号采掘基地。kXuxx
在完全化为废墟的第二十七号采掘基地中，随着一阵地动山摇，出现的是地球早已灭绝的怪兽——地底怪兽泰莱斯通和岩石怪兽萨德拉，不等盘龙号的各位做出反应，突如其来的骷髅怪兽雷德王加入了泰莱斯通和萨德拉的战斗，并以摧枯拉朽的气势杀死了两个怪兽，船员们只能逃离现场，在逃跑的途中遇到了，从冰冻怪兽佩吉拉体内出现的手持镭射枪的神秘青年，青年在出来之后就陷入了昏迷。盘龙号的各位无奈带着青年回到了盘龙号。kXuxx
正在检查青年状况的盘龙号成员，突然发现刚才的雷德王追着他们来到了盘龙号面前，无奈反击，却发现盘龙号搭载的武器对雷德王完全没有丝毫作用，就在这时，刚刚还奄奄一息的青年突然跑出飞船，从腰间掏出格斗仪，召唤出了古代怪兽哥莫拉。并指挥哥莫拉，以零距离的超振动波击杀了骷髅怪兽雷德王。kXuxx
盘龙号的众人因为青年陌生的身份和操控怪兽的能力同青年发生了冲突后，青年选择借机离开，而日向船长却不顾副船长榛名纯的反对，决定和隐岐一起去寻找青年，询问波利斯星球上到底发生了什么？追寻途中被卷入了猛犸植物之花究兰和原始怪鸟利特拉的战斗，陷入昏迷。苏醒过后，日向船长再一次遇到了先前的青年，并了解到青年的名字：雷，以及丧失记忆的状况。kXuxx
日向船长提出和雷合作的意图，却被雷拒绝。日向船长和隐岐选择暂时返回盘龙号，而雷这时也收服了因为和究兰战斗而濒死的利特拉作为第二个怪兽。返回途中的日向船长驾驶的急速号忽然被超古代怪兽哥尔赞击中，落下地面。kXuxx
两人又被卷入了超古代怪兽哥尔赞和地底怪兽泰莱斯通的战斗，性命垂危之际，雷骑着利特拉赶到战场，并召唤哥莫拉和利特拉一起击败了两个怪兽。kXuxx
战斗结束，雷却一直被莫名在脑海里出现的石化巨人的景象困扰着。雷帮助日向船长和隐岐带回了冷却装置，缓解了盘龙号爆炸的危机。而雷面对日向船长的招揽也决定暂时留在盘龙号上，并扬言会考虑日向船长的提议，对此决定副船长榛名纯却有着不一样的意见，并与日向船长陷入争论。kXuxx
雷感应到有怪兽的出现，却并未来得及召唤哥莫拉迎战，盘龙号的发电组也因未知怪兽的袭击而被摧毁，飞船停电，却因为怪兽能够隐形，众人检查监控时并未发现真凶，雷也被副船长榛名纯怀疑。kXuxx
为了避免盘龙号陷入电力不足的状况，最终决定由副船长榛名纯和雷一同前往50公里外的发电能源区。抵达发电能源区之后二人发现此处并未剩余丝毫电力，并且雷也感应到先前怪兽的波动，怪兽出现袭击了走出飞船探查情况的副船长榛名纯，怪兽的真身也被副船长得知，正是鼎鼎大名的透明怪兽内隆噶。kXuxx
情况危急之际雷不计前嫌救助了副船长榛名纯，副船长榛名纯也回应了雷的善意，架势急速号配合雷召唤的的哥莫拉战斗。在二人的密切合作之下，透明怪兽内隆噶宣告败北。kXuxx
战斗结束，重新获得电能储存装置的二人也回到了盘龙号，经此一役，副船长榛名纯也彻底认可了雷的存在。而雷面对日向船长抛出的橄榄枝，正式选择了接受邀请，加入盘龙号，成为盘龙号的第五位成员。kXuxx
就在这天，完成巡逻任务的副船长榛名纯发现，盘龙号周围5公里内至少有有30只怪兽潜伏，为了在被袭击之前离开，盘龙号必须在一个小时之内修好辅助引擎，尽快离开。在熊野正彦引擎修好之后日向船长却决定前往九区七十七点的资源运输基地，之后再前往原定的目标，波利斯行星的人类聚集地的首都——贝拉尔古城。kXuxx
盘龙号前往九区七十七点的资源运输基地，搜寻幸存者的踪迹，众人却没有发现任何一个生命波动，副船长榛名纯的兄长，资源运输基地的负责人似乎已经宣告死亡，并且发现基地的能源也尽数消失不见。隐岐推测袭击基地的很可能是喜好吞噬能源的宇宙大怪兽贝蒙斯坦袭击了资源运输基地并杀死了所有在这里生活的工作人员，没有任何发现的众人只能返回盘龙号。kXuxx
众人刚返回盘龙号，还未休整，盘龙号的警报响起，监控显示宇宙大怪兽贝蒙斯坦正向着盘龙号袭来，目的正是彻底吞噬盘龙号的能源。以为自己的哥哥因为贝蒙斯坦的袭击而丧生的副船长榛名纯冲动的独自一人驾驶急速号迎击贝蒙斯坦，但没有丝毫作用，盘龙号发射的双足飞龙导弹也尽数被贝蒙斯坦腹部的大嘴吞噬。kXuxx
雷召唤哥莫拉迎战贝蒙斯坦，却被贝蒙斯坦逐步压制，哥莫拉被击倒在地。哥莫拉遇到了自从被召唤以来最为强大的对手，危机时刻，隐岐指出，贝蒙斯坦用腹部吸收能源的时候会有一瞬间停止活动。雷指挥利特拉配合攻击贝蒙斯坦，哥莫拉抓住一瞬间的机会，以零距离的超振动波击败贝蒙斯坦。kXuxx
在夕阳的余晖下，盘龙号前往贝拉尔古城。飞船上众人正在庆祝胜利，雷也对和怪兽之间的关系，以及和队友之间的关系有了新的，更加向积极的认识。kXuxx