整个剧情构思出了点问题，EVA看太少了，捉摸了半天感觉目前设想的后续剧情完全没法和EVA世界观缝一块，下一章修修改改整了好久就是感觉不对劲，拖到又一次滚进医院就断更了好久，现在感觉自己需要更多积累3XzJn9
大雄阵亡后NERV陷入一段时间的巨大压力，之后NEO盖塔开发成功，小夫和胖虎分别获得了自己的盖塔（大体框架继承盖塔G，因此是盖塔狮虎和盖塔波塞冬），因为等离子炉盖塔的成功，UN选择偏向盖塔开发计划，EVA量产机计划被放缓，SEELE的剧本因此被打乱，为了让剧本重新回到正轨，SEELE指使手下的秘密部队在盖塔迎击使徒时偷袭、并借由NERV内部间谍在盖塔内部安装暴走程序以破坏UN和公众对盖塔的信任，小夫也因此受重伤，在关键时刻，绫波丽放弃受损的零号机登上初号机将使徒杀死，初号机的活跃和盖塔的暴走导致UN同意重新推动EVA量产计划3XzJn9
之后为了促使初号机更快觉醒，SEELE利用了因为意外获得恐龙基因的科学家高卢，高卢在SEELE的暗中支持下创造了生化恐龙大军并在南美发动战争，为了击败高卢，战自向NERV强行索要了盖塔的指挥权并将盖塔调离第三新东京3XzJn9
终于，在使徒入侵的刺激下，初号机觉醒了，EVA量产计划也稳步推进3XzJn9
然而这时候，很久之前从SEELE分化出的另一派与高卢合作，这一派在此前对使徒的研究中陷入歧途，他们将使徒视为神之子真正的形态，并试图通过研究将人类转化为使徒以完成真正的进化，此前入侵基地的怪物正是由他们所创造，这些人试图通过偷窃盖塔线的资料来加速进化研究3XzJn9
然而，从天而降的黑盖塔摧毁了高卢和进化派的研究基地，驾驶它的人正是归来的大雄，通过盖塔线，大雄得知人类虽然是莉莉丝的后裔，但早已因为盖塔线进化成完全不同的生物，而使徒却难以接受盖塔线，因此，使徒不过是“无进化之物”罢了，作为被盖塔线选中的人，大雄决心肩负起守护进化的未来的责任3XzJn9
在大雄等人合作杀死进化派所创造的，非人也非使徒的怪物后，EVA也杀死了第十五使徒，SEELE聚齐了契约的前提条件，为了尽快完成剧本，SEELE立刻调遣军队和完成的EVA量产机和NEO盖塔量产机进攻NERV本部，为了保护自己的野心，碇源堂代替被SEELE提前抓捕的绫波丽亲自坐上了初号机，然而却被量产机抓住组成卡巴拉生命树并发动第三次冲击3XzJn9
得知情报的大雄三人登上了黑盖塔赶到了NERV本部参与了战斗，并在战斗中觉醒为真盖塔，真盖塔以无比的力量彻底毁灭了所有量产机，绫波丽也被解救，碇源堂带领绫波丽来到莉莉丝处试图引发第三次冲击令自己重新见到唯，然而被盖塔所阻止，因为盖塔线拒绝将人类命运的决定权交给个人，并解放了所有被困在EVA中的灵魂，由于盖塔线的强大力量打开了时间与空间的夹缝，哆啦A梦也终于找到了大雄，并用道具重塑了世界，难以与人类和盖塔线共存的使徒则被带到另一个世界生活3XzJn9