三位原体收到马卡多的问讯令后，起义已经成为不得不摆在台面上的事情。起义方高层决定，为了保证起义的计划不被破坏，一方面在伊斯塔万三号上，对于军团内部的顽固派进行彻底的清洗；另一方面加紧催促对于起义一事仍在摇摆的原体，将其拉拢至自己一方。起义方高层以镇压叛乱的理由，将军团内部的忠诚派集结在伊斯塔万三号行星上，并在顽固派行动结束、准备返航时，投放了大型对行星鱼雷，伊斯塔万三号行星被彻底毁灭。同时，起义方高层也催促当时并未集结于伊斯塔万星系的军团，对其内部的破坏分子进行清洗。3XzJpQ
然而，我们不得不承认的是，虽然对于这样一场行动来说，内部的清洗是十分必要的，但是由于起义行动的仓促，这样一场行动并没有完全精确地达成它的目的。在当时，一个满编军团约有十万至二十万星际战士，而原体不可能对其麾下的每一位战士都了如指掌。因此，在短时间之内，想要揪出真正的顽固分子和破坏分子，几乎是一件不可能的事情，对于顽固分子的认定，实际上被下放至军官群体之中。而这些人中，有不少人，或是因为个人好恶，或是出于包庇，或是出于密告和捕风捉影，从而造成了这样一种结果：许多应当被清除的破坏分子没有被清除，而许多并没有罪过的战士，由于主官的一念之私、同僚的告密，而被冤杀在伊斯塔万三号上。而在当时并没有集结在伊斯塔万星系的诸军团之中，也发生了许多这样的事件，甚至发生了一些骇人听闻的惨剧。这一问题的影响是极大的，而在内战初期战事顺利的时候并没有展现出来；战争胜利往往可以弥补很多裂痕。但是，在战事渐渐吃紧的情况下，军队内部的猜疑情绪浮上水面，一部分战士因为畏惧于被人指认为破坏分子而被处决，从而选择了叛逃，最终使得战争的天平不再倒向义军一方。3XzJpQ
在伊斯塔万三号的行动结束以后，义军以圣吉列斯的名义向全银河进行通讯，宣告起义，将义军的政治理想对全银河的公民进行宣传，并且同时表示，纵使并不同意义军的政治理想，那么作为帝国的公民，人类的一分子，每个人也确实拥有着思考人类未来道路的义务。这一宣言的影响是深远的。正是这一宣言，引发了在全银河范围内各个世界之中，广泛而影响深远的大规模自发性的起义行动，而民众这种起义行动，迫使帝国不得不投入一部分精力镇压，从而大大减轻了起义军的压力。3XzJpQ
伊斯塔万三号事件以后，义军方的第一计划，原本是希望利用帝国方与义军之间的信息差，诱使帝国贸然对起义行动进行镇压，从而最大限度地消灭忠于帝国的军团的有生力量。然而这一计划失败了；因此事被召还至泰拉的帝国战帅荷鲁斯认为，在当前的形势下，作为一个不可多得的机会，义军一定会选择这一策略。他选择集结了当时驻留在泰拉的原体，谨慎地研究和分析可能发起叛乱的军团，并重新选择了为此次镇压行动召集的军团。荷鲁斯选择召集军队，在伊斯塔万星域附近，打一场试探性的海战，而这场海战，由于当时义军和帝国方实力的差异，很轻松地取得了胜利。这一首战告捷，确实地强化了义军的信心，但是突袭计划的失败，则使得整个内战不可避免地走向了绝对实力的对抗这一方向。3XzJpQ
伊斯塔万海战后，荷鲁斯鉴于当前战争中帝国方存在的问题，对指挥方面进行了整改。他选择放弃和马卡多之间的争端，共同成立帝国方的最高指挥部，一般称之为帝国大本营，各军团派出军官，在大本营中工作。同时，荷鲁斯对于帝国方一些军团中既有的组织上的问题进行了改造，最有名的实例，就是褫夺了第十二军团原体安格隆的指挥权，改以吞世者战士所选举出的参谋部进行军团级的指挥。在战争的初期，这一改组的效果是不明显的，因为当时义军的实力和帝国的实力存在着确实的差距。然而，整场内战之中，义军的最高指挥部确实并不够有效率，这一问题，也是在战争后期一些战役失败的重要原因。3XzJpQ
在这一期间另外一件重要的事件，就是北方远征军的成军。北方远征军起源于义军战帅莱昂·艾尔庄森在内战开始数十年前，将一部分第一军团内部的异见者、和他多年以来的亲密战友萨尔·卢瑟调任至卡利班，进行征兵工作。在伊斯塔万三号事件以前，艾尔庄森原本计划将卡利班上的驻军调任至伊斯塔万，但是卢瑟以其名誉，向艾尔庄森保证卡利班上驻军对原体的忠诚，同时以内战中征兵和后方保障的必要性，说服义军战帅继续保持这样一支部队的独立存在。然而卢瑟本人实际上有着相当大的野心；在此之后，他整编了卡利班上的驻军，对外称为第一军团的一支独立部队，对内自称为北方远征军，他本人则担任北方远征军的司令。北方远征军名义上的义务，是为朦胧星域的作战提供保障，但实际上则由卢瑟本人带领，征服并实控了一部分朦胧星域外围受帝国控制的星球。在伊斯塔万三号行动、及后续外围军团清洗行动之后，北方远征军接收了一部分逃脱的星际战士，并予以庇护，共同行动；在整场战争之中，卢瑟和北方远征军从来没有停止过对于各方的叛逃人员的接收行动。3XzJpQ
内战初期的战役，主要集中于朦胧星域一带。由于绝对实力和指挥艺术的差距，帝国方节节败退，被迫退守于恐惧之眼一线的卡迪安星系；在这里，帝国方遭遇了开战以来最为惨重的失败，后来也被称为第一次卡迪安战役。于这场战役之中，艾尔庄森构建了严密的包围网，以钳形攻势将帝国军合围于军事重镇卡迪亚之上，并且成功地做到了歼灭大量的星际战士有生力量；然而，帝国军队最终还是将增援的部队投放至战场，而黎曼·鲁斯依托着增援的部队，对义军发动了反击。虽然以帝国当时的实力，发动反击并不能成功做到夺还卡迪亚；然而，正是这次反击，使得鲁斯在义军意料之外的位置，将包围网撕出一道缺口，成功逃脱战场，后续的其他各军团也依托着这一缺口，成功突围，而义军在这场战争中，尽管取得了重大的胜利，但未能达到全歼帝国部队的目的，也使得后续帝国可以将这场战争维持下去。3XzJpQ
在主战场朦胧星域之外，义军在战争初期也取得了辉煌的胜利。在极限星域，义军方拔取了大量帝国的军事和工业重镇，为后续的战争供给提供了良好的基础。这一系列战争之中，最具有代表性的战役，就是第四军团的原体佩图拉博在极限星域的一系列行动。其以自身优秀的军事实力和指挥艺术，成功在法尔星域几乎全歼了第七军团的惩戒舰队，夺取了制海权，并在后续的战争中，于重镇因卡拉迪翁上，合围帝国军队及机械教人员，并成功夺取这一区域，一雪第四军团大远征时代在这一星球上曾经失败的耻辱。3XzJpQ
第一次卡迪安战役胜利后，近太阳星域多数世界望风而降。义军借此机会，持续推进至进入泰拉和太阳系最为重要的交通关隘，贝塔-加尔蒙星系。在此时，可以说帝国军队已经退无可退，身后便是太阳系。为此，帝国几乎集结了全部其可以动用的军队，以多层纵深防御的策略据守贝塔-加尔蒙星系；此外，帝国军队还设置了多层临时的后方防线，以尽可能拖慢义军前进的角度。义军尽管尽可能地向前推进，但帝国军队的纵深防御策略还是奏效了；它付出了极为重大的代价，得以使得义军暂缓了推进的脚步，从而使得义军的后勤到了非常危急的地步。尽管在当时，义军已经接近拿下贝塔-加尔蒙星系，但是由于后勤面临的危险，基里曼仍然选择叫停了这一战役的进行，从而使得义军无功而返。当时，义军方战帅艾尔庄森对于基里曼这一行为极其愤怒；他认为，基里曼这一行为，是“埋葬了整场战争”。3XzJpQ
然而，基里曼仍然坚持撤退，且择与帝国军队商讨和谈。这一决定，直到今日，都令许多人困惑不已，并认为这一决定非常愚蠢，给了深受战争打击的帝国以喘息之机。但我认为这一决定，是有其存在的必要的。战争是有成本的，而义军这种大规模的进攻，更是有着非常高昂的成本。尽管义军在战场之上的实力胜过帝国一方，但是帝国一方，尽管统治绝非有效，仍然有着经营发展二百年的基本盘，而义军的基本盘-奥特拉玛五百世界，尽管发展繁盛，但是其供应能力并不能同帝国太阳星域的大量世界相比。实际上，在和谈前夜，义军的后勤和人力预备已然告急；倘若将战争打下去，或许会有更大的成果，但也有可能因为后勤问题而产生连锁反应；而谈和停战，则可以好好消化已经占领下来的帝国各星球，从而为后续的行动提供稳定的资源。因此，以基里曼为首的义军高层，本着谨慎行事的想法，选择暂时性地暂停大规模进攻，与帝国考虑谈和。3XzJpQ
尽管双方都对停战是为了继续战争这一点心知肚明，但帝国方清楚，贝塔-加尔蒙保卫战的胜利并不能改变当时极为局促的态势，因此对义军高层谈判的愿望求之不得，很快就接受了基里曼的谈判请求。两方之间互派使节，尽管在势力范围的划分之上多有争吵，不过以当时的形势来看，和谈的成功几乎已经是板上钉钉的事情。但在不久之后，谈判成功的期望却被彻底破坏掉了。在说明此事之前，有必要解释当时的情况；在开战后不久、双方参战人士明确之后，帝国方已经彻底认识到这一点，即帝国方与义军之间的实力有着很大的差距。因此，帝国方在战争开始之后没多久，就已经考虑到了和谈乃至于投降的选项；为了给未来可能的选项增添筹码，帝国方选择不去毁灭在后方实控区域内的义军军团的家园世界，而仅仅是给予监视。3XzJpQ
问题是，和谈这一选项并不符合混沌一方的利益。一直以来有这样一种误读，即义军是混沌方的军队，帝国也是这样宣传的，但是这并不是事实，唯一的事实是，混沌方和义军确实抱有着推翻帝国这样一个相通的目的。实际上，在和谈的时候，混沌方无论是对义军的高层，还是当前的内战形态，都有着非常大的不满。他们需要的是服从的高层和忠于混沌的军队，而不是现有的高层，然而除了现有的义军高层以外，没有另外一个力量可以让他们打赢这一场战争。当时的内战形态，仍然是以常规战为主，而常规战的胜利不可缺少的就是令行禁止的纪律；忠于混沌的军队显然不可能做到这一点。倘若和谈成功，那么要么是未来战争的形态将继续沿着常规战争的路径走下去，更坏的则可能是双方自停战以后，仅仅保持着对峙的形势，但并不进行大规模的相互进攻。这一点对于混沌一方，是不可接受的；因此，他们潜入了帝国的监视部队，并且以帝国的名义，对于各个后方义军家园世界实施了灭绝令。这样一来，义军群情激愤，整个和谈也因为这一事件而彻底破裂，双方最终只剩下继续战争这一选项。3XzJpQ