当阿莱克修斯改变了策略之后，待在以佛所装死的曼努埃尔·安杰洛斯立刻就有了反应。在接收到玛利亚要求他向尼基弗鲁斯反叛的求援信后，他立刻向流亡到劳迪西亚的玛利亚皇后表达了自己对米海尔皇帝的默哀与忠诚（因为尼基弗鲁斯宣布米海尔已经在乱军之中身亡，逃亡到西部的米海尔本人被强行宣布只是一个“假身”）。同时表明了自己的心迹——自己只不过是在伪帝尼基弗鲁斯手下委曲求全，忠诚的曼努埃尔·安杰洛斯随时准备向玛利亚皇后表达自己的忠诚。lrrIK
无论是玛利亚还是阿莱克修斯，亦或者是以佛所城中的曼努埃尔，他们都知道，所谓的“皇后的求援”不过是阿莱克修斯赐予曼努埃尔的台阶。这样一来，曼努埃尔就不会以投降的名义遭到其他文官的唾弃，而是“弃暗投明”的向流亡中的皇后表达了忠诚。所谓的“效忠玛利亚”实际上不过是虚名而已，曼努埃尔真正效忠的自然是阿莱克修斯和伊萨克的科穆宁家族。lrrIK
当然，即使是虚名也是宝贵的政治资源，尤其是对于玛利亚这样流亡中的皇后而言。很快，阿莱克修斯的侄女婿君士坦丁·戴奥真尼斯就带着整个安条克军区以支持皇后的名义加入了科穆宁家族的阵营。lrrIK
在萨摩斯、色雷斯西亚和安条克三大军区倒向科穆宁家族后，尼基弗鲁斯·博塔尼亚斯在安纳托利亚构建的反科穆宁防线实际上已经土崩瓦解，只有奥普希金军区和奥普提马通两个军区还在负隅顽抗。lrrIK
无论是曼努埃尔·安杰洛斯还是君士坦丁·戴奥真尼斯，他们都不是能够掌握大量资源的军区大贵族，尽管戴奥真尼斯家族曾经是，但现在也已经落魄不堪。因此，他们倒是不太介意将自己管辖的军区直接交给阿莱克修斯，至少阿莱克修斯能保证他们有个不错的结果。在这种混乱的时代，有个不错的结果已经强于没有结果了，做文官总好过成为军头们的刀下鬼吧？lrrIK
就在阿莱克修斯大踏步的在安纳托利亚前进的同时，巴尔干地区同样战云密布，西西里的罗伯特虽然早有征服希腊的计划，但那毕竟只是一种设想，想要将它变成事实还需要一定的准备。尼基弗鲁斯皇帝要对抗来自西方的威胁，也需要筹备金钱、马匹和粮草。对于尼基弗鲁斯先西后东的方针，阿莱克修斯早就猜到了几分。如今看到尼基弗鲁斯不停地向西部派遣信使要求各地军区将军向君士坦丁堡效忠，他更是确定了心中的猜测。lrrIK
只不过他没想到的是，年迈的尼基弗鲁斯·博塔尼亚斯居然亲自上阵，对巴尔干地区支持米海尔的军区发动了迅猛的进攻。相比之下还没来得及准备的罗伯特只能匆忙上阵，勉强收拾军队登陆伊庇鲁斯地区。由于缺乏战争经验，原本色萨利和伊庇鲁斯的军队反而被尼基弗鲁斯打的节节败退，甚至颇有些败亡的迹象。不过，当罗伯特的诺曼大军抵达伊庇鲁斯之后，一切又陷入了僵持。lrrIK
在坐山观虎斗的同时，阿莱克修斯也没闲着。他继续向西部发起了进攻，把肥沃的奥普希金军区也拿到了手中，至于奥普提马通军区，阿莱克修斯并没有继续进军。一方面是他还不想把尼基弗鲁斯刺激的太厉害，另一方面，科穆宁家族也确实吞不下如此广阔的疆域了。lrrIK
对于已经占据的土地，阿莱克修斯在军事方面还是老一套办法，由退伍军官在当地组织民兵维持治安，并由财政官员严格重整土地，编练新农兵部队。安纳托利亚沿海地区土地肥沃，物产丰富。足以供养上万大军。历史上的突厥人仅凭一个以佛所城就供养的起三万海寇，自己虽然做不到突厥人那样穷尽民力，但征募军队还是做得到的。lrrIK
只不过阿莱克修斯这次组建的陆军同样是所谓的新农兵，在东线已经编练了三个师团的情况下，阿莱克修斯又以沿海数个军区为基础，再次编练了一个新农兵步兵师团。只不过与奇里乞亚的耕地和庄园不同，安纳托利亚西部沿海地区的环境更为优渥。安纳托利亚军区肥美的草场能够供养数万军马，历史上这里曾经拥有一万五千农兵大军，是整个帝国兵力最为雄厚的军区。阿莱克修斯自然不会在这一个军区里布置如此多的军人，一方面是他手中的军队已经脱离了维护地方治安以及守卫堡垒的需求，变成了纯粹的野战军，另一方面也是他确实养不起规模如此庞大的军队。当然，不编练庞大的军阵并不意味着完全不利用这片草原，虽然无法组建新的步兵师团，但在西部地区编练一个新的骑兵团还是做得到的。lrrIK
在政治方面，由于原本的旧农兵被改编成了新农兵野战师团，传统的军区将军彻底变成了行政官员（历史上君士坦丁九世的改革也有类似之处）。帝国的军区制度过去是一种军民合体的政治制度，军区将军拥有很大的权力。为了避免军区将军起事造反，历代的皇帝都在想方设法削弱军区将军们，具体包括削减权力与分割管辖区域两类办法。一直到君士坦丁九世皇帝执政时期才进行了一次大规模的政治改革，但这次改革的成果也随着君士坦丁九世皇帝的去世而灰飞烟灭。lrrIK
但阿莱克修斯显然不打算继续让安纳托利亚地区混乱下去，由于安纳托利亚地区已经几乎完全在自己和兄长伊萨克的掌握之中，他们实际上已经拥有了在安纳托利亚重新洗牌的权力，这是近几十年中任何一个皇帝都无法做到的事情。他要做的就是在混乱的安纳托利亚半岛上建立一个新的秩序，一个更为稳固的秩序。lrrIK
在具体操作上，他的做法还是维持君士坦丁九世的制度，即依据地产丰富的程度对各个军区的职能进行划分。他把安纳托利亚半岛四周沿海的区域设置为了行政军区，负责为科穆宁家族提供税收与财货，又将安纳托利亚东部高原上的贫穷军区划分为了彻底的军事区域，军事区域虽然没有沉重的税收负担，但却要承担军马饲养、工事修筑、物资囤积等任务。在士兵的安置问题上，他将各地的军役土地重新测量，重新分配给了新农兵们。在因为军阀混战而空置的土地上，他开始兴建国营农场，并且招揽流民耕作。至于各个大城市中因为军阀混战而空置的公寓住宅，这就被科穆宁家族笑纳了。毕竟搞房地产是科穆宁家族的特色，不搞房地产那是不可能的。lrrIK
表面上看起来，阿莱克修斯实际上并没有创设太多的新制度，只不过是在军事上提出了新农兵的策略。他对政治制度的重建也不过是对君士坦丁九世皇帝政治制度改革的再次执行和补充，但这次的结果却收效甚好。lrrIK
对于阿莱克修斯坚持推广的政治改革，伊萨克·科穆宁倒是给出了颇为中肯的评价：“罗马帝国从不缺乏充满智慧的君主，但是君主们往往难以把自己的政策彻底的执行下去。而阿莱克修斯却没有这种危险，因为他掌握着五十年之中从未有人拥有过的强大军事力量，这种力量让他的改革无人能挡。尽管在内容上不过是将过去皇帝们的政策重申一遍，或者加上些许小修小补，但在执行的程度上确实没有人能和他相提并论。”lrrIK